Papst Leo III. und Frankenkönig Karl treffen sich an den Quellen der Pader. An der Stelle des heutigen Domes stand damals bereits eine Kirche "von beeindruckender Größe", die Christus als Salvator Mundi (Erlöser der Welt) geweiht war. Sie wurde kurz darauf bei einem Stadtbrand zerstört und wieder aufgebaut.
Bischof Badurad, der zweite Bischof von Paderborn, wollte den christlichen Glauben in und um Paderborn stärken und holte darum die Gebeine des Heiligen Liborius nach Paderborn. Zur Unterbringung der Reliquien lies er den Dom um ein Querhaus und eine Ringkrypta erweitern.
Bei einem Großbrand wurde der Dom komplett zerstört. Bischof Rethar begann umgehend mit dem Wiederaufbau.
Nachdem Bischof Meinwerk das Amt von Bischof Rethar übernommen hatte, lies er den bis zu den Fenstern vorangeschrittenen Wiederaufbau abreißen. Anstelle eines Wiederaufbaus des karolingischen Doms ließ er eine dreischiffige Basilika mit einem ottonischen Westwerk erbauen in der er nur die Krypta vom Vorbau erhielt.
Nachdem ein Stadtbrand den Meinwerkdom zerstört hatte, ließ Bischof Imad einen deutlich vergrößerten Dom errichten.
Der neu errichtete Bau wurde am 22. Juli 1068 von Bischof Imad geweiht. Sein Grundriss entsprach weitgehend dem Grundriss des heutigen Domes.
Um das Jahr 1100 wurde die Krypta umgebaut. Die Form des Baus wurde seitdem kaum verändert, so dass sie bis heute größtenteils erhalten geblieben ist.
Anfang des 13. Jahrhunderts wurde mit einem kompletten Neubau des Domes begonnen. Dabei wurde der Bau mit dem Domturm im romanischen Stil begonnen. Je weiter die Bauarbeiten fortschritten, desto mehr gotische Elemente wurden verwendet.
Da von Westen nach Osten gebaut wurde, wurde der Altar im Westchor als erster Altar des heutigen Domes eingeweiht.
Unser heutiger Dom wurde im zweiten Teil des 13. Jahrhunderts fertig gestellt. Dabei war der Hasenkamp vermutlich der letzte Teil, der abgeschlossen wurde.
Während des Dreißigjährigen Krieges wurde der Paderborner Dom geplündert und der Schrein des Heiligen Liborius von Christian von Braunschweig-Wolfenbüttel geraubt. Bei dem Überfall wurde das Innere des Domes weitestgehend zerstört.
Am 25. Oktober 1627 wurden die geraubten Reliquien zurück nach Paderborn gebracht. Seitdem gibt es auch den heute noch genutzten Liboriusschrein. Zur Erinnerung an die Rückkehr feiern wir bis heute "Klein-Libori".
Nach Ende des Dreißigjährigen Krieges (1648) begann 1650 die Barocke Neugestaltung des Domes. Dabei wurden insbesondere die Seitenkapellen Stück für Stück Barockisiert und erhielten zudem neue, barocke Innenportale.
Ab1895 führte der damalige Dombaumeister Arnold Güldenpfennig eine weitreichende Restaurierung des Domes durch. Dabei gestaltete er den Süd- und Ostgiebel in historisierender Form neu.
Bei den Bombardierungen Paderborns durch die Alliierten am 22. März 1945 wurde der Dom und seine Umgebung schwer beschädigt. Es starben 41 Menschen und fast die ganze barocke Ausstattung des Domes wurde zerstört.
Mit Ende des zweiten Weltkrieges begann sehr schnell der Wiederaufbau des Domes. Im Zuge dieser Arbeiten fand auch der gotische Reliquienaltar wieder seinen Platz im Hochchor.
Die Bischofsgruft mit dem Sammelgrab der Paderborner Bischöfe und die Grablegen für die Erzbischöfe Paderborns wurden neu gestaltet
Über mehrere Jahre wurde der gesamte Dom Restauriert. Dabei wurde die nach dem Zweiten Weltkrieg installierte Notverglasung gegen die heutigen Fenster eingetauscht und die Krypta und der Altarraum wurden neu gestaltet.
Von 2013 - 2015 wurde das Dach und die Außenfassade des Paderborner Domes saniert.
Nach mehrjährigen Umbauarbeiten wurde der neue Altar und damit die neu gestaltete Krypta am 13. Juli 2023 von Weihbischof König eingeweiht.